El tratamiento de las aguas subterráneas tiene como propósito el eliminar los microrganismos, sustancias químicas, caracteres físicos y radiológicos que sean nocivos para la salud humana; por definición las fuentes subterráneas se consideran contaminadas y, por tanto, deben ser tratadas para que estas sean aptas para el consumo humano. La calidad del agua potable se mide en características físicas, químicas, biológicas y radiológicas; entre las características físicas podemos encontrar color, sabor, olor temperatura. Y entre las características químicas están dadas por la presencia o ausencia de determinados elementos y son muy importantes en salud pública, habitualmente se analizan los siguientes elementos: arsénico, bario, cadmio, cromo, cianuro, plomo, selenio plata, nitratos, mercurio, cobre, flúor, hierro, manganeso, cloruros, sodio, sulfato, zinc, dureza, dureza, detergentes y por ultimo las características microbiológicas cuya calidad se determina mediante la prueba de los coliformes que se consideran indicadores de contaminación fecal.