Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/20.500.12494/11667
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Title: Seroprevalencia y evaluación molecular de coronavirus felino en Bucaramanga utilizando RT-PCR
Author: Delgado Villamizar, Karen Yurani
Email autor: karen.delgado@campusucc.edu.co
Issue Date: 2018
Advisor / Validator: Ruiz Sáenz, Julián
Keywords: Análisis filogenético
Coronavirus felino
RT-PCR
Seroprevalencia
Variabilidad genética
Resume: El coronavirus Felino (FCoV), un virus endémico de distribución mundial, con alta tasa de transmisión por contacto directo, causante de una infección sistémica mortal conocida como Peritonitis Infecciosa Felina (FIP). Sin embargo, el FIP se desarrollará en aproximadamente el 10% de gatos seropositivos a FCoV. El FCoV es un virus ARN de cadena positiva, de la subfamilia Coronavirinae, género Alphacoronavirus 1. El objetivo de este trabajo fue caracterizar serológica y molecularmente la infección por FCoV en gatos de la ciudad de Bucaramanga, a través de un estudio descriptivo, de corte transversal, donde se muestreó (Suero y heces fecales) 96 felinos. Se utilizó una técnica de ELISA (ImmunoComb®) se realizó extracción de RNA y RT-PCR del gen nps14, los fragmentos obtenidos se secuenciaron por el método de SANGER. Las secuencias obtenidas se analizaron por bioinformática: MEGA 7, ClustalW, Mr. Bayes. Se obtuvo una prevalencia real en la población evaluada de 84.6% ([CI]= 77.43% y 91.85%). De las variables evaluadas se encontró seropositividad en el 76% de los machos, el 24% de las hembras, el 66% del grupo <1 año, 77% entre 1 y 3 años, el 61% del grupo > 3 años, el 69% del grupo mestizos, el 100% del grupo raza. El 74%, de individuos esterilizados y el 62% en los enteros. Del RT – PCR evidenció la presencia del virus en 66 de las 96 muestras evaluadas, evidenciando 13 falsos positivos y 12 falsos negativos. El análisis filogenético mostro la circulación de FCoV tipo I en la población evaluada, con la presencia de tres clústeres evolutivamente relacionados con cepas reportadas en Japón, Holanda e Indonesia. Se concluye que el FCoV es un virus endémico en la población felina de Bucaramanga, lo que sugiere el alto riesgo de FIP. Los FCoV aislados muestran alta variabilidad genética, lo dificulta generar estrategias de control.
Abstract: Feline coronavirus (FCoV), an endemic virus of worldwide distribution, which has a high transmission rate by direct contact, it causes a fatal systemic infection known as Feline Infectious Peritonitis (FIP). Nonetheless, the FIP will be developed in approximately 10% of seropositive cats to FCoV. FCoV is a positive chain RNA virus belonging to the Coronavirinae subfamily, genus Alphacoronavirus. 1. This study aimed at characterizing serologically and molecularly the FCoV infection in cats in Bucaramanga city, through a descriptive, cross-sectional study, where 96 felines were sampled (serum and feces). An ELISA technique was used (ImmunoComb®) RNA and RT-PCR extraction of the nps14 gene was done, the fragments obtained were sequenced using the SANGER method. The obtained sequences were analyzed by bioinformatics. MEGA 7, Clustal. A real prevalence of 84.6% was obtained in the evaluated population ([CI]= 77.43% y 91.85%). Among the evaluated variables, seropositivity was found in 76% of the males, 24% of the females, 66% of the group <1 year, 77% between 1 and 3 years, 61% of the group > 3 years, 69% of the group were mixed-race, 100% of the group were pure breed. 74% of the sterilized individuals and 62%. The RT - PCR showed the presence of the virus in 66 of the 96 samples evaluated, evidencing 13 false positives and 12 false negatives. The phylogenetic analysis showed the circulation of FCoV type I in the evaluated population, with the presence of three clusters evolutionarily related to strains reported in Japan, Holland and Indonesia. It was concluded that FCoV is an endemic virus presented in the feline population of Bucaramanga, which suggests a high risk of FIP. Isolated FCoVs show high genetic variability, which makes difficult to generate control strategies.
Table Of Contents: Resumen. -- Abstract. -- tabla de contenido. -- indice de figuras. -- indice de tablas. -- 1. introducción. -- 2.planteamiento del problema. -- 2.1. pregunta de investigación. -- 3.justificaciòn. -- 4.marco teórico. -- 4.1. presentación clínica del fip. -- 4.2. diagnóstico. -- 4.3. lesiones anatomopatológicas. -- 5.estado de arte. -- 6. objetivos del proyecto. -- 6.1. objetivo general. -- 6.2. objetivos específicos. -- 7.metodología. -- 7.1. consideraciones bioéticas. -- 7.2. tipo de estudio. -- 7.3. población y muestra. -- 7.4. toma de muestras. -- 7.5. aplicación prueba rápida detección de anticuerpos. -- 7.6. extracción de rna y síntesis de dna complementario. -- 7.7. diagnóstico molecular mediante rt-pcr. -- 7.8. secuenciación y análisis filogenético. -- 7.9. análisis estadístico8.resultados. -- 8.1. seropositividad a la prueba de elisa. -- 8.1.1. sitio de muestreo. -- 8.1.2. variable sexo. -- 8.1.3. variable rango etario. -- 8.1.4. variable raza. -- 8.1.5. variable estado reproductivo. -- 8.2. comprobación molecular rt-pcr. -- 8.3. secuenciación. -- 8.discusión. -- 9. conclusiones. -- 10. bibliografía.
Program: Medicina veterinaria y zootecnia
Headquarters: Bucaramanga
Type: Trabajos de grado - Posgrados
Citation: Delgado Villamizar, K. Y. (2018) Seroprevalencia y evaluación molecular de coronavirus felino en Bucaramanga utilizando RT-PCR (Tesis de posgrado) Recuperado de: http://repository.ucc.edu.co/handle/ucc/11667
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